Berangkat dari masalah tersebut, sejak 2015 Dompet Dhuafa berinisiasi mendirikan Pesantren Mualaf Indonesia sebagai program pembinaan khusus mualaf, baik untuk penguatan tauhid, aqidah, pemberdayaan serta kemandirian ekonomi bagi mualaf.
Hingga saat ini Pesantren Mualaf Indonesia sudah tersebar ke 5 wilayah seperti, Bintaro Banten, Cianjur Jawa Barat, Pekanbaru Riau, Manado Sulawesi Utara, dan Alor Nusa Tenggara Timur.
Selain itu, program ini juga akan dilaksanakan di Papua, Riau, Sumatera Selatan, dan beberapa lokasi lainnya.